<blockquote style='border-left:2px solid #CCCCCC;padding:0 1em' class="quote dark-border-color"><div class="quote light-border-color">
<div class="quote-author" style="font-weight: bold;">Simon Spiegel wrote</div>
<div class="quote-message">
Although I'm not sure that latexmk will ever work for my, since I not only use biber, but also xindy with my own .xdy files and I doubt that latexmk will ever be able to handle this setup.
</div>
</div></blockquote>


This is just a belated comment from the maintainer of latexmk, so that the messages reflect the current situation (Sep. 2012).

For biber, the current version (4.33c) of latexmk supports biber, and that's been in since v. 4.22.  

As for xindy, latexmk has always supported xindy, at least for the simplest case where there is a single index with the standard file extensions.   Then you simply tell latexmk to use xindy instead of makeindex, by putting the following in one of its initialization files:

     $makeindex = 'texindy -o %D %S';

In response to a user query, I'm evaluating what is needed in more complicated situations.

        
        
        
<br/><hr align="left" width="300" />
View this message in context: <a href="http://macosx-tex.576846.n2.nabble.com/TeXShop-Ignore-file-settings-in-engine-tp5190391p7580049.html">Re: TeXShop: Ignore file settings in engine</a><br/>
Sent from the <a href="http://macosx-tex.576846.n2.nabble.com/">MacOSX-TeX mailing list archive</a> at Nabble.com.<br/>